除了宽宥建文帝旧臣之外，朱高炽还对刑狱进行了调整。朱高炽曾在召见大学士杨士奇、杨荣、金幼孜时表达了自己对永乐一朝刑狱的看法，在朱高炽眼中永乐一朝法司判定的很多罪名都是胡乱罗列的，只不过是为了讨好皇帝，虽然国家有严谨的法律程序，但是在实际操作过程中并不能很好地执行，以至于草菅人命的现象经常发生。为了解决这一问题，朱高炽要求从今往后每次审判重犯时，杨士奇、杨荣、金幼等人要共同出席审判过程。
此外，大理寺曾呈给朱高炽一份关于处决重犯的名单，但是朱高炽没有立即批准，反而谆谆教导大理寺的官员们不可无辜冤枉好人，制造冤案，从而“伤国家之和气”。为了确保此次名单没有问题，朱高炽下令进行复决，对此次的处决名单进行了又一次仔细检查。之后，朱高炽更是要求在审判犯人时一定要按照法律定刑，即使是犯人本人要求“法外用刑”时，法司、三公和大臣们也要联名上奏制止种不遵守法律的行为。与此同时，朱高炽还废除了肉刑、连坐法和举报法等为当时百姓深恶痛绝的苛法，明文规定：“诸司不得鞭囚背及加入宫刑。有自宫者以不孝论。非谋反。勿连坐亲属。古之盛世，采听民言，用资戒儆。今奸人往往摭拾，诬为诽谤，法吏刻深，锻练成狱。刑之不中，民则无措，其余诽谤禁，有告者一切勿治。”