奥地利在领土问题上没有捞到什么好处。它放弃了莱茵河东岸的奥尔特瑙，却只得到了特兰托和布里克森两个主教区。此外，来自哈布斯堡家族的莫德纳公爵得到了布莱斯高，托斯卡纳大公得到了包括贝尔希特斯加登、帕骚和艾希施泰特主教区在内的萨尔茨堡大主教区。
教会地产还俗给德意志天主教会势力以沉重打击。包括特里尔、科隆等大主教选帝侯国在内的许多教会邦国被取消，大量修道院和教会领地被世俗邦国吞并。美因茨大主教选帝侯国是一个例外。虽然丢掉了美因茨，大主教达尔贝格却通过活动，把领地转到了美因河畔的阿沙芬堡，还得到了帝国城市维茨拉尔和雷根斯堡主教区，以帝国大宰相和德意志总主教的身份将雷根斯堡变成了自己的驻地。
《帝国代表会议总决议》是旧帝国时期最后一部重要法律。这一决议对于古老的神圣罗马帝国的命运以及整个德意志历史的发展都产生了极其重大的影响。
《帝国代表会议总决议》的实施对帝国的团结造成了毁灭性的打击。帝国直属领地归并和教会地产还俗彻底改变了帝国原有的政治结构。大量教会诸侯和一直是帝国坚定支持者的帝国城市、帝国骑士等下层帝国阶层的消失，大大削弱了维持帝国存在的根基。世俗诸侯由于占有教会地产和并吞帝国城市而实力大增，我行我素的意识进一步增强。