书院指导学生读书,还有一个重要措施就是考课。一般来讲,明代书院重视讲学与生徒的自学,而不太重视考课。部分书院也对生徒进行考课,如大科书院规定每月初二、初六两天考课生徒,但对生徒的答卷只批点可否,而不评定高下,让生徒领会本人用功的勤惰和用心的精粗,以便自我努力。大科书院的考课方法表明,书院比较重视生徒进德修业的程度,这是书院与地方儒学的差别之一。但是,万历末年后,很多书院鼓励生徒参加科举考试,也逐步重视考课。万历末年,进行月考、岁考的书院已很普遍,书院已逐步失去了自学的特点,日益趋同于官学了。
另外,明代以会讲为主的书院,平时没有固定生徒,只是到了讲会日期,学者从各地汇集而来,听主讲人讲说。因此这类书院一般没有固定教材,每次讲会由主讲标出“话头”,然后就“话头”开讲,形式较为活泼,歌诗悬钟,气氛热烈,师生融洽。据《明儒学案》载:王守仁讲学时,“四方从学者众,每晨班坐,次第请疑,问至即答,无不圆中”。对众多学者既耐心指教,又启发诱导。王、湛学派的书院盛行讲会,《明儒学案》、《王文成公年谱》对此多有记载。每遇讲会,四方聚集者经常数百上千,声势可谓壮观。李遂建讲舍于衢麓,“与天真远近相应,往来讲会不辍”,每次讲会前,都要“陈礼仪、悬钟磬,歌诗侑食”。这一做法倡导于王守仁,代表了书院自由讲学的精神。