皇陵被焚毁，对于明朝是一种精神上的摧毁。在北京的崇祯皇帝得知这个噩耗，素服痛哭，遣官祭告太庙，下罪己诏，自责为不肖子孙。
第二年即崇祯九年，一块据说是从汉朝传到宋朝，再由元朝从南宋投降的太后手上所得的“玉玺”，被归降的蒙古王作为表忠心的贡品，献给了后金大汗。此时努尔哈赤已经去世多年，接替汗位的，是八子、四贝勒皇太极。能够以这个身份得到多个兄长和排位更前的贝勒们的支持，继承父亲的汗位，说明皇太极不简单，不是坐享其成而是靠竞争上岗的。皇太极得到“玉玺”，大喜过望。原来做了二百多年皇帝的朱元璋及其子孙，是没有“传国玉玺”的。崇祯九年四月，得了“传国玉玺”、自认为是合法的中原之主的皇太极改国号为“清”。目的非常明确，水能克火，用带“水”的“清”，取代带“日”、属“火”的“明”。
虽然明朝在应对女真的战争中一筹莫展，但对付农民军，还是有效率的。在此后的一段时间里，由于官军分路围剿，农民军损失惨重，王嘉允、高迎祥等人战死，张献忠等人向明军请求投降，李自成等人则潜伏在山区。
眼看明朝国内的形势扭转了，但“大清”通过他们的行动，救了张献忠、李自成。崇祯十一年(1638)，清兵分两路进关，京师戒严，正在陕西、河南对付农民军的明军，在洪承畴、孙传庭的率领下，奉命增援北京。官军一撤离，张献忠等人重新倒戈，乘机向明军发起攻击；李自成等人则从陕南进入河南，更多的饥民加入农民军的队伍之中。